5.2.1. Suş belirleme yöntemleri

Konukçu mikroorganizmanın taksonomik durumu, güvenlik değerlendirmesinin öneminin bir özelliği olarak kabul edilmektedir. Bu nedenle, genetik manipülasyonlar için kullanılan mikroorganizmalar, uygun bir yöntem kullanılarak taksonomik olarak incelenmelidir. Bu, bilimsel, üretim ve güvenlik açısından yeterli bir şekilde karakterize edilmelidir. Şu anda, mikroorganizmaların taksonomik durumunun uygun karakterizasyonu için en kesin araç, DNA/DNA hibridizasyon tekniği ve 16S rRNA dizi tespitidir. Bu yöntemler, araştırma altındaki mikroorganizmaların taksonomik durumu hakkında önemli bilgiler vermektedir. Şu anda, fenotipik karakterizasyonu için standart biyokimyasal / fizyolojik yöntemler, piyasadadır ve yaygın olarak kullanılmaktadır. Suş karakterizasyonu için önemli bir özellik de, patojenik özellikleri hakkındaki bilgidir.

Genetik modifikasyon işleminin uygulanmasından sonra, elde edilen GDM suşları, konukçu mikroorganizmaların güvenli özelliklerini sürdürmelidir. Yeni suş, güvenliğini değerlendirmek için fenotipik ve genotipik özellikler dâhil olmak üzere aynı yöntemler ve doğruluk ile karakterize edilmelidir. Konukçu ve GDM arasındaki doğru bir karşılaştırma; restriksiyon analizi, rastgele arttırılmış polimorfik DNA analizi (RAPD PCR), amplifiye parça uzunluk polimorfizmi (AFLP), protein profilleme gibi mevcut moleküler teknikler kullanılarak yapılabilir. Analiz, ayrıca genom sıralamasına genişletilebilir.

GDM güvenlik değerlendirmesi açısından incelenmesi gereken diğer önemli faktörler de şunlardır: genetik modifikasyonun, konukçu mikroorganizmanın özellikleri, genetik sistemin stabilitesi, gen yapısının işlevsel özellikleri üzerine etkisi.

Tüm bu özellikler, GDM’lar tarafından elde edilen ürünlerin ve çevre üzerindeki etkilerinin güvenlik değerlendirmesi sürecinde önemlidir.

Üretim suşları, kirletici suşları ya da patojenleri tanımlama yöntemleri, genotip ve fenotip düzeyde uygulanan tekniklerden oluşmaktadır. Genotip yöntemler, rDNA dizileme analizi, DNA baz kompozisyonu ve DNA/DNA hibridizasyon gibi araçları içermektedir.

DNA dizileme, özellikle rDNA dizileme analizi, rDNA dizilerinin karşılaştırmalı çalışmalarını amaçlamaktadır. Bu, uygun primerler kullanılarak PCR ile parçaları ya da hemen hemen tüm 16S veya 23S rDNA molekülünü doğrudan dizileme yoluyla gerçekleştirilir.

DNA baz oranı (mol yüzdesi G + C), bakteri taksonlarının standart tanımının bir parçası olan klasik bir genotipleme yöntemidir. Gözlenen aralık, tür içinde en fazla % 3 ve bir familya içinde en fazla% 10'dur. Bakteriler arasında G + C içeriği, % 24 ve 76 arasında değişmektedir.

DNA/DNA hibridizasyonu, hem çok çeşitli mayalar ve mantarların, hem de hemen hemen tüm bakterilerin belirlenmesi için uygulanmaktadır.

Bu yöntemlerin taksonomik çözünürlüğü ile ilgili olarak DNA/DNA hibridizasyonu, sadece türlerin karakterizasyonu için kullanılırken, rDNA dizileme analizi ve DNA baz kompozisyonu, familya ve türlerin tanımlanması için kolayca uygulanmaktadır. Genotipleme yöntemlerinin, bakteri ve mayalar için ve küçük ölçüde de mantarlar (sadece rDNA dizileme analizi) için yararlı uygulamaları bulunmaktadır.

Fenotipleme moleküler yöntemler, hücresel yağ asitleri parmak izi ve toplam hücresel protein elektroforetik desenleri içermektedir. Bu yöntemler özellikle bakteri tanımlamada kullanılmaktadır ve ilki familya ve türlerin seviyesi için geçerliyken, ikincisi rutin olarak türlerin tanımlaması için kullanılmaktadır.